Bonjour à tous, Vous trouverez en pièce jointe votre compte-rendu noté et annoté par mes soins. Je me suis permis de convertir les documents que vous m'avez envoyé au format PDF, au final c'est ce qu'il y a de plus simple pour tout le monde. J'y ai inclus mes commentaires, qui semblent fonctionner avec Okular et Acrobat Reader (il s'agit de surlignages et de petits logos à survoler pour obtenir le texte). J'ai alterné les couleurs jaunes et bleues pour différencier plus facilement les commentaires consécutifs, les passages en vert sont des éléments que je trouve particulièrement bons, les passages en rouge sont des erreurs à éviter absolument. J'ai également souligné certains passages dont la rédaction laisse à désirer ... Puisqu'on est dans le sujet, je voudrais vous rappeler que la rédaction est un élément CRUCIAL dans ce genre d'exercice. Dans la mesure où nous avons discuté de ces résultats ensemble ce n'est pas la conclusion qui m'intéresse mais le raisonnement que vous suivez pour y arriver. Comprendre l'exercice est une chose, faire comprendre au correcteur que vous avez compris en est une autre. Vous arrivez à un niveau d'étude où on ne vous demande plus d'apprendre par cœur mais d'être capable de raisonner, comme vous serez amenés à le faire dans votre vie professionnelle. Oubliez donc les habitudes d'étudiant en médecine qui consistent à lâcher des mots clés appris par cœur pour « gratter des points », et attachez vous à rendre un texte cohérent, compréhensible par quelqu'un qui découvre le sujet en même temps que votre texte. Utilisez les termes scientifiques à bon escient, évitez les lorsque vous n'êtes pas certain de les maitriser (ça dépend un peu des correcteurs, personnellement je suis convaincu que dans votre vie professionnelle mieux vaudra assumer vos limites que de sortir une énormité, vous risquez de perdre en crédibilité et d'aiguiller vos collègues dans la mauvaise direction). Pour terminer faites l'effort de relire au moins une fois, histoire de vous assurer que vos phrases ont au minimum un sens ... Évitez les prises de tête à votre correcteur, il sera bien plus enclin à vous accorder les points ! Concernant la forme, la plupart d'entre vous a choisi de répondre aux questions une à une en suivant la numérotation. C'est tout à fait compréhensible, néanmoins ce n'est pas toujours évident de rester dans les clous de chaque question. Pour le prochain contrôle, vous pouvez tout à fait répondre sous forme d'un texte construit, gardez à l'esprit que ces questions sont des guides pour que vous n'oubliez rien (elles ne seront d'ailleurs pas rappelées dans le sujet). Construisez votre réponse en suivant cette logique, en commençant par décrire de manière générale la technique utilisée, les éléments de la figure (avec un maximum de précision !), les implications biologiques qu'il y a derrière chacune de ces observations et enfin une conclusion ou un modèle synthétique. Pour l'exercice 1, j'attendais donc que vous remarquiez qu'il s'agissait d'une FISH en métaphase. Vous pouviez rappeler brièvement que cela consiste à hybrider des sondes fluorescentes sur une mitose bloquée en métaphase, de manière à mettre en évidence des réarrangements chromosomiques. De manière générale il était demandé de préciser que les taches grises étaient donc des chromosomes en métaphase dont les bandes avaient été mises en évidence par un colorant (par exemple le Giemsa), et les taches rouges et vertes correspondaient aux régions chromosomiques sur lesquelles s'étaient hybridées les sondes marquées. Il y avait 3 types de chromosomes à observer : une paire de chromosomes présentant des fluorescences rouge et verte superposées aux extrémités télomériques de leurs bras longs, une paire de chromosomes présentant une fluorescence rouge à chacun de leurs 4 télomères, et enfin un chromosome plus long présentant une fluorescence verte également télomérique. Vous pouviez les identifier grâce à l'annotation de la figure, toutefois j'aurais souhaité vous voir expliquer que cette identification est rendue possible par les bandes (G ou autres, ce n'est pas précisé ici). En vous appuyant sur le schéma du design, vous pouviez conclure que les chromosomes présentant à la fois une fluorescence rouge et verte étaient des chromosomes 8 normaux, que les chromosomes présentant 4 points rouges étaient des isochromosomes issus d'un bras long du chromosome 8 auquel il manquerait une partie télomérique commençant au niveau de MYC, et le chromosome vert un chromosome 14 ayant gagné cette partie télomérique du 8. Pour terminer, vous pouviez présenter le modèle suivant sous forme d'un schéma : translocation impliquant les chromosomes 8 et 14 pour un point de cassure situé sur le chromosome 8 entre les sondes rouges et vertes (près du gène MYC) et vraisemblablement à l'extrémité télomérique du bras long du 14, puis formation d'un iso-chromosome à partir du bras long du chromosome 8 dérivé de cette translocation. Il fallait ajouter à cela deux événements de duplication, pour expliquer le gain d'un chromosome normal et d'un iso-chromosome dérivé 8 de la t(8;14). Dans l'exercice 2, nous avions affaire à des résultats de puce SNP. Vous avez eut beaucoup de mal à décrire la technique, et j'ai lu pas mal d'amalgames avec la CGH qui me laissent penser que je suis passé un peu trop vite là dessus. Dans la mesure où il existe de nombreuses chimies que je n'ai pas abordé en cours, j'attendais que vous restiez dans le cadre général, ou que vous m'expliquiez la chimie illumina du cours. Vous pouviez vous contenter de dire que cette technique vise à génotyper un grand nombre de SNP dans un même échantillon en mesurant pour chaque locus deux fluorescences correspondant aux deux allèles les plus fréquents, et qu'elle repose sur l'hybridation d'un échantillon d'ADN sur une puce où sont fixés des oligonucléotides propres à chaque locus. Il aurait fallu également signaler qu'outre la fréquence de chaque allèle, cette technique permet de mesurer le nombre de copies tout le long du génome en comparant la somme des signaux mesurés à celle mesurée sur un ADN de référence. Pour décrire la figure, vous deviez remarquer que l'on mesure le log-ratio (sa formulation aurait été appréciée) tout le long d'un chromosome. Il fallait également décrire ces fameux « heterozygous calls », en rappelant qu'il s'agit de tous les SNP pour lesquels les fluorescences mesurées indiquent un état hétérozygote, c'est à dire deux allèles différents présents chez le même patient. Vous pouviez également parler de l'idéogramme, qui permet de visualiser les bandes chromosomiques telles que colorées par le Giemsa, pour aider à se repérer dans le chromosome. Vous pouviez observer pour le premier patient que le log-ratio oscille autour de 0 sur l'ensemble du chromosome étudié, et que les heteozygous calls sont répartis de manière homogène tout le long du chromosome. Pour le second patient, même observation concernant le log-ratio mais on notait une nette diminution du taux d'heterozygous calls dans le premier tiers du chromosome 9. Pour le dernier patient, on notait une baisse du log-ratio à -1 sur une courte région proche de l'extrémité du chromosome, co-localisée avec une raréfaction des heterozygous calls (comme nous l'avons dit en TD c'est assez marginal, mais c'est une bonne occasion de montrer au correcteur que vous avez compris ce que vous racontez car c'est logique qu'elle existe). On pouvait donc conclure que le premier patient ne présentait pas d'anomalie chromosomique sur le chromosome 9, en tout cas dans la limite de ce que cette technique permet de détecter (CNV et UPD). C'était l'occasion de rappeler que cette technique passe à coté de phénomènes tels que les translocations, et donc de rester humble quand au statut de ce patient (j'ai lu beaucoup de « patient sain », « patient témoin » qui poussent la déduction un peu trop loin). Pour le second patient, on pouvait conclure qu'il s'agit d'une disomie uniparentale localisée, puisqu'on observe une perte d'hétérozygotie (on peut considérer que les heterozygous calls restants sont des artefacts) sans perte de copie (le log-ratio reste à 0). Vous êtes plusieurs à être partis sur l'hétérodisomie, vu que je n'ai pas été très clair en TD c'est compréhensible, mais restez sur l'isodisomie dans ce cas précis, ca me semble être le plus probable. Je n'ai par contre pas bien compris pourquoi vous tenez absolument à enchainer une isodisomie derrière. Pour le dernier patient, il fallait conclure à une délétion hétérozygote, puisque le log-ratio tombe à -1. C'était l'occasion de ressortir la formule du log-ratio que je vous ai donné en TD, pour expliquer qu'étant donné qu'il s'agit d'un logarithme à base 2 un log-ratio de -1 correspond à une perte de la moitié du matériel génétique, soit la perte d'une copie. La perte d'hétérozygotie observée avec les heterozygous calls était donc logique, puisqu'avec une copie restante il n'est plus possible pour un SNP d'être hétérozygote. Si malgré cette correction il reste quelque chose qui ne vous semble pas clair, n'hésitez pas à m'envoyer vos questions par mail. Je vous rappelle enfin que vous avez un devoir sur table lundi prochain, avec 1h pour ma partie et 1h pour la partie de Pascaline. Vous pouvez vous attendre à un exercice rédigé de ce type là (je vous épargnerais les puces SNP), et quelques questions de cours ciblées. Bonnes révisions, Sylvain Mareschal