January 31, 2013 at 12:57
Cours de CGH Array (M2)
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Ayant acquis au cours de mes 2 ans d'alternance une certaine expérience en matière d'analyse de puces CGH, on m'a proposé en temps que doctorant de venir présenter la technique et l'analyse aux deux promotions actuelles du master de bioinformatique que j'ai suivi, pour deux sessions de 6 heures alliant cours et travaux dirigés. Petit retour sur expérience.
Premier constat : on a tendance à l'oublier en temps qu'étudiant, mais 6 + 6, c'est très loin de faire 12 heures de travail ! Pour un cours de 3 heures environ (26 diapositives sans compter les animations), c'est déjà deux semaines de préparation intensive : recherche et lecture d'articles, discussions avec les cytogénéticiens du Centre Henri Becquerel qui m'emploie ... Et bien sur l'élaboration des diapositives, du sujet de TD et des deux sujets d'examen !
Deuxième point : s'il est relativement simple de tenir son auditoire éveillé pour 15 minutes de survol de ses travaux, comme on a l'habitude de le faire en soutenances ou en congrès, c'est déjà plus compliqué par sessions d'1h30. Pour un tel volume d'informations, impossible de soigner et apprendre toute ses transitions, de sélectionner son vocabulaire avec soin : l'improvisation est de mise. Ça nécessite donc une bonne maitrise de son sujet, et un diaporama suffisamment fourni pour ne pas s'égarer. Et aussi pas mal d'abnégation à voir les yeux de certains étudiants papilloter, peu sensisbles à la masse de travail qui se cache là derrière ...
Quand on en arrive aux travaux dirigés, difficile de faire face à cette spécificité réputée bien française : le silence des étudiants. Impossible d'avoir ne serait-ce qu'une vague idée de l'opinion ou de l'état d'avancement dans les exercices de la majorité des étudiants, à moins de questionner individuellement chaque personne. On en vient donc à se déplacer pour voir par nous même, en faisant mine de ne pas voir les écrans changer à la dernière seconde (ou pas, certains ont au moins l’honnêteté d'assumer l'activité totalement hors-sujet qui les occupe). Certains sont malgré tout intéressés, et plutôt que de pester contre les autres on se concentre sur eux.
Vient ensuite le temps des examens, et plus particulièrement de la correction. Je m'en tire assez bien, avec seulement 18 copies. L'affaire d'une heure ou deux ? Pensez vous ... 4 exercices chacun déclinés en deux variantes, et c'est mes soirées libres qui s'envolent. Même en établissant un barème objectif a priori, c'est un défi que de rester impartial et toujours attribuer les points pour les mêmes informations sans remettre son barème en question à longueur de copie (ou alors en prenant sur soi de relire toutes les copies déjà corrigées). Difficile de retenir un stylo assassin face à une copie blanche, ou noire d'un "baratin" qui espère grappiller quelques points. Difficile aussi de ne pas s'attrister en reconnaissant ces "techniques" qu'on a jadis pratiqué pour limiter la casse, d'attribuer des points pour du "par cœur" sans compréhension aucune, qui sera oublié avant même le rendu des copies. Difficile enfin d'expliquer les erreurs en sachant bien que mes remarques ne seront probablement jamais lues.
Quoi qu'il en soit c'était une expérience très enrichissante. Me lire ne vous en convaincra probablement pas, comme je ne l'ai pas été moi même lorsque j'en discutais jadis avec des enseignants, c'est vraiment quelque chose à vivre. Et à vrai dire c'est quelque chose que tout les étudiants devraient vivre assez tôt dans leur cursus, ça pourrait bien changer leur perception des cours qui les ennuient tant. En tout cas ça a changé la mienne.
Notons au passage que la rémunération de ces enseignements m'a permis de me rendre à Berlin pour l'ECCB/ISMB 2013 qui s'y déroulait, et où j'ai pu présenter mon travail.
Je mets à disposition les différents supports que j'ai réalisé pour ce cours, pour les curieux qui voudraient se documenter sur la technique et pour les paresseux qui cherchent des figures à réutiliser. Le tout est sous licence Creative Commons by-nc, à réutiliser donc sans modération mais en suivant quelques règles de savoir vivre :
Premier constat : on a tendance à l'oublier en temps qu'étudiant, mais 6 + 6, c'est très loin de faire 12 heures de travail ! Pour un cours de 3 heures environ (26 diapositives sans compter les animations), c'est déjà deux semaines de préparation intensive : recherche et lecture d'articles, discussions avec les cytogénéticiens du Centre Henri Becquerel qui m'emploie ... Et bien sur l'élaboration des diapositives, du sujet de TD et des deux sujets d'examen !
Deuxième point : s'il est relativement simple de tenir son auditoire éveillé pour 15 minutes de survol de ses travaux, comme on a l'habitude de le faire en soutenances ou en congrès, c'est déjà plus compliqué par sessions d'1h30. Pour un tel volume d'informations, impossible de soigner et apprendre toute ses transitions, de sélectionner son vocabulaire avec soin : l'improvisation est de mise. Ça nécessite donc une bonne maitrise de son sujet, et un diaporama suffisamment fourni pour ne pas s'égarer. Et aussi pas mal d'abnégation à voir les yeux de certains étudiants papilloter, peu sensisbles à la masse de travail qui se cache là derrière ...
Quand on en arrive aux travaux dirigés, difficile de faire face à cette spécificité réputée bien française : le silence des étudiants. Impossible d'avoir ne serait-ce qu'une vague idée de l'opinion ou de l'état d'avancement dans les exercices de la majorité des étudiants, à moins de questionner individuellement chaque personne. On en vient donc à se déplacer pour voir par nous même, en faisant mine de ne pas voir les écrans changer à la dernière seconde (ou pas, certains ont au moins l’honnêteté d'assumer l'activité totalement hors-sujet qui les occupe). Certains sont malgré tout intéressés, et plutôt que de pester contre les autres on se concentre sur eux.
Vient ensuite le temps des examens, et plus particulièrement de la correction. Je m'en tire assez bien, avec seulement 18 copies. L'affaire d'une heure ou deux ? Pensez vous ... 4 exercices chacun déclinés en deux variantes, et c'est mes soirées libres qui s'envolent. Même en établissant un barème objectif a priori, c'est un défi que de rester impartial et toujours attribuer les points pour les mêmes informations sans remettre son barème en question à longueur de copie (ou alors en prenant sur soi de relire toutes les copies déjà corrigées). Difficile de retenir un stylo assassin face à une copie blanche, ou noire d'un "baratin" qui espère grappiller quelques points. Difficile aussi de ne pas s'attrister en reconnaissant ces "techniques" qu'on a jadis pratiqué pour limiter la casse, d'attribuer des points pour du "par cœur" sans compréhension aucune, qui sera oublié avant même le rendu des copies. Difficile enfin d'expliquer les erreurs en sachant bien que mes remarques ne seront probablement jamais lues.
Quoi qu'il en soit c'était une expérience très enrichissante. Me lire ne vous en convaincra probablement pas, comme je ne l'ai pas été moi même lorsque j'en discutais jadis avec des enseignants, c'est vraiment quelque chose à vivre. Et à vrai dire c'est quelque chose que tout les étudiants devraient vivre assez tôt dans leur cursus, ça pourrait bien changer leur perception des cours qui les ennuient tant. En tout cas ça a changé la mienne.
Notons au passage que la rémunération de ces enseignements m'a permis de me rendre à Berlin pour l'ECCB/ISMB 2013 qui s'y déroulait, et où j'ai pu présenter mon travail.
Je mets à disposition les différents supports que j'ai réalisé pour ce cours, pour les curieux qui voudraient se documenter sur la technique et pour les paresseux qui cherchent des figures à réutiliser. Le tout est sous licence Creative Commons by-nc, à réutiliser donc sans modération mais en suivant quelques règles de savoir vivre :
- La première partie de cours sur les techniques de cytogénétique,
- La seconde partie sur la CGH,
- Le sujet du TD, avec les fonctions et données associées,
- La correction du TD (script R),
- Les deux sujets d'examen (ici et là), avec la correction.